Хакасский государственный природный заповедник расположен в Южной Сибири на северном макросклоне Западного Саяна и в горных степях Минусинской котловины. Он охватывает территории Таштыпского, Усть-Абаканского, Боградского, Ширинского и Орджоникидзевского районов Республики Хакасия.

Заповедник состоит из 9 кластерных участков общей площадью 267 565,3 гектаров. Самыми крупными из них являются горно-таежные участок «Малый Абакан» (площадь 97829 гектаров) и «Заимка Лыковых» (142441 гектаров). «Малый Абакан» находится в бассейне реки Абакан, а «Заимкой Лыковых» названо место в верховьях реки Большой Абакан, где в начале 1980-х годов было обнаружено поселение старообрядцев Лыковых, более 60 лет не имевших контактов с внешним миром.

Остальные семь участков: «Подзаплотские болота» (площадь 5181 гектаров), «Озеро Иткуль» (5547 гектаров), «Озеро Белё» (5292 гектаров), «Озеро Шира» (1397 гектаров), «Оглахты» (2590 гектаров), «Камызякская степь» с озером Улух-Коль (4789,3 гектаров) и «Хол-Богаз» (2499 гектаров).

Орнитологический заказник «Озеро Улух-Коль», находящийся в ведении заповедника, внесен в Перспективный список особо ценных водно-болотных угодий Рамсарской конвенции.